La première mention de Villaines apparaît au IXe siècle dans le testament de saint Aldric évêque du Mans. Il cite parmi ses domaines Villena in Parisiaco, c’est à dire Villaines-en-Parisis. Ensuite, probablement, Villaines fit partie des biens de l’abbaye de Saint-Denis, tout comme Belloy et les villages voisins. En 1338, Charles de Montmorency avoue avoir reçu du roi, à Villaines, un fief tenu par le chevalier Manellon de Villaines. Les terres passent ensuite à plusieurs vassaux du duc de Montmorency. En 1597, Guillaume de Verthamont et Denize Lebeau, sa femme, achètent la seigneurie de Villaines à Françoise Pourprée de Vegnolles ; dans l’église, une pierre tombale le rappelle; elle est gravée d’un personnage tenant une épée : “Ci-git, noble homme Guillaume de Verthamont, conseiller notaire et secrétaire du roi, maison et couronne de France et de ses finances, seigneur de Villaines, lequel fut inhumainement assassiné le 28 juillet 1601. Priez Dieu pour lui”. Le domaine est tenu ensuite par messire Nace Leboulanger, prévôt des marchands de Paris.
Selon l’abbé Leboeuf, il y avait certainement une église à Villaines dès le XIIIe siècle car il note un don de Damoiselle Marie, femme de Jean, Ecuyer, à la fabrique de l’église de Villaines proche de Masflée. L’évêque de Paris, François Poncher, y vint en personne le 10 octobre 1528 pour bénir le cimetière. Depuis 1792 il n’y a plus de prêtre résidant à Villaines et en 1847, l’église fut annexée à Belloy. L’autel qui est actuellement dans la chapelle sainte Geneviève de Belloy est l’ancien autel de l’église de Villaines. L’église fut restaurée en 1926 par l’abbé Ghys grâce aux dons de monsieur Jules Dandoy.
En 1919 le conseil municipal donna au village le nom de Villaines-sous-Bois, autrefois Villaines-en-France. Le nom de Villaines n’est pas rare en France : Villena est le diminutif latin de Villa.
Abbé Lourdelet